1999年以来，商务部会同中宣部、科技部、财政部、铁道部、交通部、卫生部、国家工商总局、国家环保总局、国家食品药品监管局、国家认监委、国家标准委等十二部门联合实施了以“提倡绿色消费、培育绿色市场、开辟绿色通道”为主要内容的“三绿工程”。为全面掌握实施情况，更好地贯彻《国务院关于进一步加强食品安全工作的决定》(国发[2004]23号)精神，商务部组织全国城市农贸中心联合会、中国连锁经营协会对流通领域食品安全状况进行了为期两个月的调查。形成了《我国流通领域食品安全状况的调查报告》(以下简称《调查报告》)。
《调查报告》显示，三绿工程实施五年来，取得了明显成效。主要表现在：一是上市食品安全状况总体好转。据有关部门监测，我国食品内在卫生质量有了明显改观，食品卫生平均合格率2001年为88.6％，2002年为89.5％，2003为90.45％，2004年预计为92%左右，呈逐年上升态势。二是市场食品安全检测工作得到加强。企业自检、社会中介机构受托检测和政府部门监督抽检三道“防线”基本形成。据调查，全国年销售2亿元以上的农副产品批发市场普遍实行了自检制度，农副产品批发市场中，42.6％设立了检测室，55.1％配备了专职检测人员；连锁超市中，73%配备了食品安全管理人员和操作人员；三是市场食品安全准入制度得到实施。调查显示，食品安全的国家标准普遍推行，其中32%的企业采用了国际标准；农副产品批发市场中，4.45％通过了ISO9000等国际通行的质量管理体系认证，27.11％设立了无公害产品专区，16.31％设立了绿色食品专区，6.14％设立了有机食品专区，三者相加近50％；超市公司中，注重食品安全基础建设的占91%，建立加工食品安全制度的占73%，注重环境因素的占59%，实行食品卫生安全岗位责任制的达91%，把食品安全指标量化并作为考核依据的达86%。2004年，全国32.9万家食品经销企业中，有15.1万家建立了进货验收制度，14.5万家建立了购销台账制度，11.9万家建立了销售食品质量承诺制度；四是食品流通基础设施得到明显改观。农副产品批发市场中，建有冷库的占38.56%，其中上海高达52.4%；27.9％配备了速测仪，10.59％配备了色谱仪，3.6％购置了检测车；43％配备了污物处理设备；24.79%建立了配送中心。90%以上的连锁零售企业建有配送中心，截止2004年6月末，我国限额以上连锁零售企业配送中心已达2845个；五是消费者食品安全意识显著增强。消费者选择食品标准从优先考虑价格转向价格与质量并重，消费者对食品安全的自我保护能力增强。消费者中，85%关注食品保质期，72%关注蔬菜和水果的农药残留量，55%关注食品的细菌超标问题以及包装材料、食品添加剂含量等有关因素；47.9%关注相关检验证明，22.3%关注食品的色泽、外观； 70.4%希望购买无公害农产品，56.4%愿意选择绿色食品，52.4%希望选择安全食品， 22.3%希望选择有机食品。在遇到食品安全问题时，向有关理部门申诉、提请仲裁机构仲裁、请求消费者协会调解、向人民法院起诉、与生产经营者协商的比例分别为68.4%、54.1%、48.7%、30.3%和14.7%。
《调查报告》显示，目前我国流通领域食品安全仍存在以下问题。一是上市食品超标问题依然存在。目前，食品卫生平均不合格率仍达8%左右，蔬菜农药残留超标率为7％，畜产品“瘦肉精”检出率为1.2％。据对7万多家食品市场检查，发现不合格散装食品19万多公斤，病害肉40多万公斤，假冒伪劣酒类案件9.5万件。二是流通领域食品安全法律法规缺失。总的看，商品流通过程中的法律条款仍相对粗疏。食品很多都是鲜活产品，从生产到销售过程中保鲜、贮藏等要求较高，应有相应的法律规定。此外，市场准入是一项行之有效的办法，但这项制度的实行尚缺少上位法的支持。目前，食品安全管理主要还是靠行政管理，亟需完善相应的法律法规。三是食品安全标准体系不够完善。我国有食品质量标准近3000个，而与流通有关的标准仅有100余个，相比于生产和加工标准数量差距甚大，流通过程保障食品安全的标准严重不足，即使食品生产质量合格，也难保不在流通环节出现质量安全问题。四是食品流通检测及环保体系仍不健全。调查显示，全国5万多家食品零售企业中建立检测中心的不足1％，全国2.6万家农贸市场配有垃圾处理设备的不足1‰；消费者对任何一类食品安全性的信任度均低于50％。此外，检测体系不健全，还表现为各部门的检测工作缺少协调，检测力量缺乏整合，检测资源不能共享，快速检测的技术手段落后。五是食品安全信用体系建设亟待加强。我国社会信用体系建设刚刚起步，食品安全方面的信用体系建设仍相对滞后，该领域的企业信用数据的征集工作也处在小范围尝试阶段。因此，从总体看，掌握企业食品卫生质量的信用状况难度仍然很大，很难起到消除信息不对称，褒扬守信者，遏制失信者，追溯责任方，形成诚信经营氛围的作用。
下一步商务部将采取积极措施，加强流通领域的食品安全工作。一是加强法制建设，研究制定《食用农产品市场准入管理办法》；二是加强政策引导，大力发展现代流通方式，加快农贸市场升级改造步伐，推行“场厂挂钩”、“场地挂钩”；三是加快推进绿色市场认证步伐；四是完善检测体系和检测制度；五是进一步完善食品安全信用档案；六是加大宣传力度，继续开展“三绿工程宣传月”活动，定期举办“中国三绿工程博览会”，积极推进绿色消费进社区；七是加强监督检查，形成有效的社会舆论监督机制；八是发挥中介组织的作用，在诚信建设、规范经营行为等方面形成自律机制。